Sau khi Kenya giành được độc lập ngày 12 tháng 12 năm 1963, Kenyatta thuyết phục Moi rằng KADU và KANU nên hợp nhất để hoàn thành quá trình phi thực dân hóa. Vì thế Kenya trở thành quốc gia độc đảng trên thực tế (de facto), do liên minh Kĩkũyũ-Luo chi phối. Nhắm vào các vùng đất màu mỡ của Rift Valley nơi các thành viên bộ lạc Kalenjin của Moi sinh sống, Kenyatta củng cố sự ủng hộ của họ bằng cách ban đầu đề cử Moi vào chức vụ Bộ trưởng Nội vụ năm 1964, và sau đó vào chức vụ phó tổng thống năm 1967. Là thành viên của bộ lạc thiểu số, Moi là thỏa hiệp chấp nhận được đối với các bộ lạc lớn. Moi được bầu vào nghị viện Kenya năm 1963 tại Baringo Bắc. Kể từ năm 1966 cho tới khi nghỉ hưu năm 2002 ông là nghị sĩ củae Baringo Trung[1].

Tuy nhiên, Moi phải đối mặt với sự chống lại từ giới thượng lưu Kikuyu, được biết đến như là Mafia Kiambu, những người muốn một người nào đó từ nhóm của họ được chọn làm tổng thống. Điều này dẫn đến một cố gắng bỉ ổi của nhóm soạn thảo hiến pháp nhằm thay đổi hiến pháp để ngăn chặn phó tổng thống tự động lên nắm quyền khi tổng thống chết. Sự có mặt của cơ chế kế vị này có thể dẫn tới sự bất ổn chính trị nguy hiểm khi biết rằng Kenyatta với tuổi tác đã cao và bệnh tật kinh niên của ông này. Tuy nhiên, Kenyatta đã đứng vững trước áp lực chính trị và bảo vệ cho vị trí của Moi.